Génomique et Transcriptomique

Le plateau de Génomique et Transcriptomique du Pôle technologique du CRCT est dédié à l’analyse des séquences nucléiques et de leur expression par des techniques de haut, moyen et bas débits. Le plateau dispose des équipements suivants :

– un NextSeq 550 (Illumina) pour l’analyse de l’expression des gènes par séquençage NGS,

– un Chromium Single Cell Controller (10X Genomics) pour l’analyse de l’expression des gènes sur cellule unique par séquençage NGS,

– un nCounter Analysis System composé d’une Prep Station et d’un Digital Analyzer (nanoString) pour l’analyse de l’expression des gènes en panel à façon ou pré-établi par quantification directe,

– un iScan (Illumina) pour l’analyse du profil épigénétique et l’analyse des SNP par puce,

– une station GCS3000 (Affymetrix) pour l’analyse de l’expression du transcriptome par puce,

– un Fragment Analyzer (Agilent formerly Advanced Analytical) pour le contrôle qualité des ARN, ADNg, librairies NGS et fragments de PCR,

– deux StepOne Plus  et un Abi7500 (Applied Biosystems, Life Technologies) pour la PCR quantitative.

 

Vous trouverez également sur le Pôle technologique :

– un Clariostar (BMG Labtech) pour les dosages de fluorométrie, luminescence et absorbance en plaque ou en micro-volume,

– un Bioruptor Pico (Diagenode) pour la sonication en micro volume.

 

La gestion de projet de ddPCR est également possible grâce à l’interaction avec le plateau GeT Santé de Rangueil, Toulouse, qui dispose d’un QX200 AutoDG Droplet Digital PCR System (Bio-Rad).

 

Les différentes prestations proposées englobent le contrôle qualité des ARN ou ADN fournis par le client, la préparation et la réalisation de l’expérimentation, le contrôle qualité des données produites.

Pour finaliser l’analyse des données générées, le plateau de Génomique et Transcriptomique travaille conjointement avec le plateau Bioinformatique du Pôle technologique. Lors de l’entretien préliminaire au projet, les deux plateaux seront présents si possible pour orienter au mieux le design de l’expérimentation.

Les projets de prestation font l’objet de devis spécifiques adaptés. L’établissement d’un devis ne peut se faire qu’après discussion et présentation du projet par le client pour répondre au mieux aux besoins. Nous sommes également disponibles pour l’élaboration de demandes financières de projet.

 

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