Création d’un logiciel pour faciliter les recherches de modifications post-traductionnelles

Un travail encadré par Frédéric Pont (Pôle Technologique du CRCT) en collaboration avec Arnaud Bessson (Centre de Biologie Intégrative de Toulouse – LBCMP) et Jean-Jacques Fournié (équipe 9 CRCT), a mené au développement d’un logiciel permettant d’optimiser les recherches sur les modifications post-traductionnelles (PTMs), des modifications identifiées comme marqueurs dans les cancers.

D’un point de vue technique, pour analyser les PTMs, chaque protéine étudiée va devoir subir une ou plusieurs digestions par une ou plusieurs protéases, afin d’être « découpée » en peptides à analyser ensuite par spectrométrie de masse. Le logiciel développé par les chercheurs du CRCT et du LBCMP, nommé PTMselect, intervient au niveau de la 1ère étape : il permet, en effet, de simuler les combinaisons optimales de protéases pour permettre d’isoler les peptides les plus pertinents à analyser.

Lien vers l’outil : https://sites.google.com/site/fredsoftwares/products/ptm-select

Perchey, R.T., Tonini, L., Tosolini, M., Fournié, J.-J., Lopez, F., Besson, A., Pont, F., 2019. PTMselect: optimization of protein modifications discovery by mass spectrometry. Sci Rep 9, 4181.

Lien vers l’article : ici

https://www.nature.com/articles/s41598-019-40873-3