Conception d’un logiciel d’analyse de signatures en Single-Cell RNAseq

Depuis juin 2018, le séquençage de cellule unique (single-cell) est disponible sur le pôle technologique du CRCT. Frédéric Pont, Marie Tosolini et Jean-Jacques Fournié ont travaillé sur la conception d’une série de programmes pour faciliter l’exploration des données Single-Cell RNAseq.

Ils permettent de calculer les scores d’enrichissement de fonctions biologiques (plus de 20 000 fonctions biologiques humaines sont disponibles) au niveau de la cellule unique et ensuite les visualiser sur des milliers de cellules sur des cartes en deux dimensions.

Ces logiciels sont téléchargeables ici :

https://sites.google.com/site/fredsoftwares/products/single-cell-signature-explorer

Frédéric Pont, Marie Tosolini, Jean J Fournié, Single-Cell Signature Explorer for comprehensive visualization of single cell signatures across scRNA-seq datasets, Nucleic Acids Research, gkz601, https://doi.org/10.1093/nar/gkz601