Nouvelle publication du plateau Bio-informatique du CRCT dans NAR

Frédéric Pont, Marie Tosolini et Marion Perrier, du plateau de Bio-Informatique,  en collaboration avec Jean-Jacques Fournié (Directeur de recherche, équipe 9 du CRCT) viennent de publier un nouvel article dans NAR Genomics and Bioinformatics (Volume 2, Issue 2, June 2020):

« Single-Cell Virtual Cytometer allows user-friendly and versatile analysis and visualization of multimodal single cell RNAseq datasets »

Vous pouvez découvrir l’article ici.

Single-Cell Virtual Cytometer est un logiciel open source permettant la visualisation et l’exploration des données (anticorps, expression de gènes, signatures…) de single cell RNAseq comme en cytométrie en flux. Le logiciel et son manuel son disponibles ici :

https://github.com/FredPont/single-cell-virtual-cytometer

Des vidéos de démonstration sont disponibles en supplemental data sur le site de la publication.

Ce logiciel s’utilise dans un navigateur web sans installation. Il est compatible avec

Single-Cell Signature Explorer

https://sites.google.com/site/fredsoftwares/products/single-cell-signature-explorer

Séminaire en ligne : Préparation du Worshop « Highlight your 3D samples » -Jeudi 16 avril 2020, 10h

Le Pôle Technologique vous invite à un séminaire « Highlight your 3D samples »de présentation en ligne et de préparation au workshop le jeudi 16 avril, de 10h à 12h.

Au programme :

Matin
Séminaires technologiques

Impression 3D et préparation des échantillons (CELLINK)

Imager en 3D  (ZEISS et Miltenyii)

Analyser en 3D (IMACTIV-3D et Perkin Elmer)

Visualiser en 3D (IRIT)

Après-midi
Rencontres en ligne avec les intervenants
Echangez avec les industriels sous forme de speed-dating en ligne !

Lien rejoindre la réunion Teams :

Lien Workshop Imagerie 3D


Image de l’annonce issue de Miltenyi Biotech

Mardi 10 Mars 2020 : Journée Single Cell et Spatial Gene Expression.

Le Pôle Technologique du CRCT, la plateforme GeT, et la société 10x Genomics ont le plaisir de vous convier à une journée autour des approches Single Cell, des nouvelles applications et des nouveaux outils disponibles dont la Spatial Gene Expression.

Pendant cette journée, vous seront présentées différentes approches méthodologiques et analytiques à travers le retour d’expériences de plusieurs utilisateurs.

Cette journée se tiendra le Mardi 10 Mars 2020 de 9h à 16h30, salle H. Paris, I2MC, bâtiment L4, Rangueil, Toulouse.

Programme et inscription gratuite mais obligatoire ici

Les travaux du Plateau Bioinformatique en couverture de NAR

Les travaux de Frédéric Pont, Marie Tosolini  (plateau de bioinformatique) et Jean-Jacques Fournié (équipe 9, CRCT) illustrent la couverture du  volume n°47 (issue 21) de NAR (Nucleic Acids Research). Frédéric, Marie et Jean-Jacques ont conçu une série de programmes pour faciliter l’exploration des données Single-Cell RNAseq. Ils permettent de calculer les scores d’enrichissement de fonctions biologiques (plus de 20 000 fonctions biologiques humaines sont disponibles) au niveau de la cellule unique et ensuite les visualiser sur des milliers de cellules sur des cartes en deux dimensions.

Lien avec l’article: https://doi.org/10.1093/nar/gkz601

« Retour sur les bases de la qPCR », mardi 15 octobre 2019.

Le plateau Génomique et Transcriptomique  vous propose une formation le mardi 15 octobre 2019, « Retour sur les bases de la qPCR« , en salle C.Cazaux au CRCT. Cette formation sera délivrée par Thermofischer (Applied Biosystems) qui est le fabricant des appareils de qPCR que nous avons sur le plateau du pôle technologique. Les étapes clés de la qPCR seront reprises dans une présentation le matin de 10h à 12h/12h30. L’après midi, à 14h, nous aborderons le troubleshooting avec vos données si vous le souhaitez ou des exemples. Cette formation n’est pas réservée aux débutants. C’est aussi l’occasion pour les plus avertis de revoir quelques contrôles ou précautions que l’on oublie parfois…

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