Conception d’un logiciel d’analyse de signatures en Single-Cell RNAseq

Depuis juin 2018, le séquençage de cellule unique (single-cell) est disponible sur le pôle technologique du CRCT. Frédéric Pont, Marie Tosolini et Jean-Jacques Fournié ont travaillé sur la conception d’une série de programmes pour faciliter l’exploration des données Single-Cell RNAseq.

Ils permettent de calculer les scores d’enrichissement de fonctions biologiques (plus de 20 000 fonctions biologiques humaines sont disponibles) au niveau de la cellule unique et ensuite les visualiser sur des milliers de cellules sur des cartes en deux dimensions.

Ces logiciels sont téléchargeables ici :

https://sites.google.com/site/fredsoftwares/products/single-cell-signature-explorer

Frédéric Pont, Marie Tosolini, Jean J Fournié, Single-Cell Signature Explorer for comprehensive visualization of single cell signatures across scRNA-seq datasets, Nucleic Acids Research, gkz601, https://doi.org/10.1093/nar/gkz601

Création d’un logiciel pour faciliter les recherches de modifications post-traductionnelles

Un travail encadré par Frédéric Pont (Pôle Technologique du CRCT) en collaboration avec Arnaud Bessson (Centre de Biologie Intégrative de Toulouse – LBCMP) et Jean-Jacques Fournié (équipe 9 CRCT), a mené au développement d’un logiciel permettant d’optimiser les recherches sur les modifications post-traductionnelles (PTMs), des modifications identifiées comme marqueurs dans les cancers.

D’un point de vue technique, pour analyser les PTMs, chaque protéine étudiée va devoir subir une ou plusieurs digestions par une ou plusieurs protéases, afin d’être « découpée » en peptides à analyser ensuite par spectrométrie de masse. Le logiciel développé par les chercheurs du CRCT et du LBCMP, nommé PTMselect, intervient au niveau de la 1ère étape : il permet, en effet, de simuler les combinaisons optimales de protéases pour permettre d’isoler les peptides les plus pertinents à analyser.

Lien vers l’outil : https://sites.google.com/site/fredsoftwares/products/ptm-select

Perchey, R.T., Tonini, L., Tosolini, M., Fournié, J.-J., Lopez, F., Besson, A., Pont, F., 2019. PTMselect: optimization of protein modifications discovery by mass spectrometry. Sci Rep 9, 4181.

Lien vers l’article : ici

https://www.nature.com/articles/s41598-019-40873-3

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