NextSeq 550

Analyse de l’expression des gènes par séquençage NGS ou RNA-Seq

Le plateau possède un NextSeq 550 d’Illumina (www.illumina.com) qui génère jusqu’à 400 M de single-end reads/run High output ou 130 M de single-end reads/run Mid output.

 

La principale application proposée est l’analyse du transcriptome (RNA-Seq) codant après sélection polyA ou total par déplétion ribosomique ou en cellule unique. L’appareil a également les capacités pour gérer des projets de séquençage des petits ARNs (miRNAs), d’amplicon ou de panel, d’exome et de ChIP (immunoprécipitation de la chromatine). La mise en place de protocole pour ces applications se fait au fur et à mesure des demandes et des spécifications de chaque projet.

Recommandations de séquençage:

Etudes Mesure Taille et Quantité de

Reads/échantillon

Nombre d’échantillons/run

 

Mid output      High output

130 Mreads       400 M reads

mRNA-Seq Transcriptome Codant 2X75pb 25 M 4 16
Total RNA-Seq Transcriptome Codant et non codant 2X75pb 50 M 2 8