nCounter Analysis System

Analyse de l’expression des gènes en panel à façon ou pré-établi par quantification directe

Le plateau a un accès privilégié à un nCounter de Nanostring Technologies (www.nanostring.com) situé sur l’IUCT-O. Cette technologie permet principalement la quantification directe de l’expression génique, sans amplification, jusqu’à 800 cibles. C’est un intermédiaire entre la qPCR et les puces Transcriptomes ou le séquençage NGS. Elle présente également l’avantage de pouvoir être utilisée avec des ARN dégradés.

Cette technologie repose sur l’utilisation de codes-barres fluorescents associés à des sondes ciblant des gènes d’intérêt.

Il existe de nombreux panels (humain, murin) pré-établis ciblant certaines voies ou maladies comme l’inflammation, l’immunologie, le cancer, les neuropathologies, les maladies auto-immunes, les miRNA… Il est possible de rajouter des cibles d’intérêt aux panels pré-établis. Il est également possible de faire établir son propre panel avec des cibles d’intérêt, notamment pour d’autres espèces ou pour tester une gène signature. Nanostring prend en charge le design des sondes.

Les quantités de départ d’ARN sont comprises entre 50 et 300ng environ en fonction du panel et de la qualité de l’échantillon. Le format classique d’utilisation est par cartouche de 12 échantillons.

Nanostring propose d’autres types d’applications comme la quantification de CNV (Copy Number Variation), la détection de fusion de gènes…