Chromium Single Cell Controller

Analyse de l’expression des gènes en cellules uniques par séquençage NGS ou scRNA-Seq

Le plateau possède un Chromium Single Cell Controller de 10X Genomics (www.10xgenomics.com). Cet appareil et cette technologie permettent de séparer et d’analyser individuellement entre 500 et 10 000 cellules/puits. L’étude d’hétérogénéité cellulaire est rendue possible.

Le protocole permet de préparer des librairies 3’ barcodées à partir des ARNm contenus dans chaque cellule. Le principe repose sur l’encapsulation d’une cellule dans une gouttelette d’huile qui renferme une bille sur laquelle sont fixés des oligonucléotides poly dT pour capturer les ARNm. L’unicité est donnée par l’utilisation d’un code barre spécifique à chaque bille.

Il est possible de rajouter la mesure de protéines de surface cellulaire par la méthode CITE-Seq (marquage par Anticorps), en même temps que la mesure de l’expression des gènes. Cela peut permettre de mieux identifier les sous-populations ou de suivre l’expression d’une protéine de surface d’intérêt par exemple.

D’autres applications se développent au fur et à mesure : VDJ, ATAC-Seq (Epigénétique), CNV…